V roku 1994 sa oženil s Melindou na Havaji. Len pár mesiacov potom mu zomrela milovaná matka, a tak si dal prestávku na cestovanie po svete. O rok neskôr prišla na svet dcéra Jennifer a syn Rory sa narodil na prelome tisícročí v roku 1999.
Medzi rokmi 2000 a 2008 B. Gates postupne končil ako šéf Microsoftu a začal sa venovať skôr nadácii, ktorú založil spolu s manželkou (s ktorou sa rozviedol v roku 2021). O tri roky po synovi prišla na svet druhá dcéra menom Phoebe.