Hrdelný trest bol vtedy legálny a Československo ho využívalo aj po prevzatí moci komunistami až do roku 1989. Po revolúcii v máji 1990 bol nahradený doživotným väzením a v januári nasledujúceho roku aj explicitne zakázaný v Listine základných práv a slobôd, neskôr aj Ústavou SR (Čl. 15 ods. 3).
O Tisovom osude nakoniec rozhodli politici. Jeho žiadosť o milosť, ktorá by mu namiesto popravy priniesla doživotné väzenie, dostala na rokovanie najprv Slovenká národná rada. Tá žiadne stanovisko nezaujala a zodpovednosť presunula na prezidenta Edvarda Beneša. A ten zasa rozhodnutie prenechal na československú vládu.
Hlasovanie kabinetu, ktorý zvažoval pre a proti oboch možností, skončilo pomerom 17 hlasov proti a 6 za udelenie milosti. Za popravu boli okrem Komunistickej strany aj Národní socialisti. Ministri zvažovali najmä to, či nechať Tisa nažive s potenciálom neskoršieho podmienečného prepustenia, alebo ho popraviť a riskovať, že z neho bude mučeník. To druhé sa pre časť verenosti nakoniec aj stalo. Názor, že prvý prezident bol martýrom, pretrváva najmä vo fašistických kruhoch dodnes.
„Nikto z členov vlády však vinu a zodpovednosť Tisu za udalosti v rokoch jeho prezidentskej funkcie na Slovensku nespochybnil,“ píše Ivan Kamenec v knihe Tragédia politika, kňaza a človeka.
Spolitizovaný? Áno aj nie
I. Kamenec však zároveň pripúšťa, že proces bol spolitizovaný. A nie iba zo strany Tisových odporcov, ale aj jeho prívržencov. „Proces mal všetky náležitosti súdneho konania, no stále viac jeho priebeh a najmä výsledok ovplyvňovali súdobé politické zápasy,“ píše historik.
Myslí tým najmä neudelenie milosti, ktoré silnejúcej Komunistickej strane pomohlo názorovo rozštiepiť najvýznamnejšiu slovenskú Demokratickú stranu. Časť z nej totiž cirkevným predstaviteľom sľúbila, že Tiso popravený nebude.
„Komunisti chceli spôsobiť v Demokratickej strane rozkol, a preto urobili všetko, aby bol Tiso odsúdený a popravený. V tomto bode sa mohli oprieť o podporu centralistických českých strán i prezidenta Beneša,“ uviedol predvlani pre denník Nový čas ďalší historik Dušan Kováč.
Na politické ovplyvňovanie procesu poukazuje aj Ondrej Podolec z Ústavu pamäti národa. „Je ťažké hodnotiť povojnový retribučný súd dnešnými kritériami. Objektívny a spravodlivý súd v danej spoločenskej atmosfére asi ani nebol možný. [...] Predseda súdu Igor Daxner sa ani veľmi netajil svojou predpojatosťou [...] Demokratická strana sa ho potom aj pokúsila odvolať, no podržali ho predovšetkým komunisti,“ napísal historik ústavu. „Pochybnosť o nestrannosti súdu pri posúdení viny obžalovaného však automaticky nemusí znamenať vyslovenie jeho neviny,“ dodal. Igor Daxner ako sudca mohol byť zaujatý, pretože ako protifašistický bojovník a člen Komunistickej strany sám za Slovenského štátu osobne trpel.
Opačný názor na politizáciu má Stanislav Mičev, riaditeľ Múzea SNP. Povojnové retribučné súdnictvo podľa neho nemožno nazývať politickým, pretože proces tribunálov s vojnovými zločincami bol protihitlerovskými spojencami legitímne naštartovaný už od roku 1941. „Označovať dnes tieto procesy za politické je len zakrytou snahou o rehabilitáciu právoplatne odsúdených ľudí, ktorí sa na týchto zločinoch podieľali. Proces s J. Tisom nebol politický, aj keď na jeho pozadí prebiehal politický boj,“ myslí si S. Mičev.