Martin Glváč dokázal v Smere politicky prežiť neúspech v parlamentných voľbách 2002, po ktorom Fedor Flašík stratil postavenie straníckej dvojky. Ako šéf bratislavskej krajskej organizácie prežil vo funkcii dve ťažké prehry. Monika Beňová neuspela vo voľbách bratislavského primátora a Vladimír Bajan sa nestal županom Bratislavského kraja. Po oboch porážkach predseda ohlasoval personálne zmeny. Vtedajší generálny manažér Smeru Ján Richter vyhlásil, že za volebný neúspech „nesie politickú zodpovednosť bratislavský krajský predseda“.
Vo funkcii prežil aj to, čo strane spôsobil ako podporovateľ nepopulárnych budovateľov pezinskej skládky. M. Glváča neskolila ani čiernovodská majetková kauza, po ktorej sa od neho Smer dištancoval vyhlásením, že „akékoľvek podnikateľské alebo iné aktivity člena Smeru-SD sú jeho súkromnou záležitosťou“. Český politológ Jiří Pehe to pobavene komentoval slovami, že súkromná aktivita politika neexistuje.
Premiér sa dvakrát postavil za M. Glváča ako ministra obrany. Zastal sa netransparentného obstarávania, ale aj spôsobu obsadzovania funkcií vo vojenskom spravodajstve. Po vyhlásení M. Glváča, že k žiadnemu tunelovaniu v tajnej službe nedošlo, premiér už nemá právo na vyhlásenia, aké šíril ešte na konci minulého týždňa. Vraj keby sa ukázalo, že ľudia, ktorým minister dôveruje, zlyhali, tak M. Glváč bude musieť prijať „veľmi razantné rozhodnutia rôzneho typu“. Keď sa potvrdí, že ľudia, ktorých si M. Glváč vybral, tunelovali, minister by už nemal nič prijímať. Rad bude na premiérovi, aby prijal rozhodnutie takého typu, akému sa už viac ako desaťročie vyhýba.
