Operačný program Doprava počíta aj s projektmi integrovanej dopravy v Košickom kraji zhruba v hodnote 150 miliónov eur. Ide o modernizáciu a výstavbu koľajových tratí v Košiciach vrátane rekonštrukcie terminálu na železničnej stanici a ôsmich zastávok, na ktorých budú dlhšie nástupištia. V pláne je aj elektrifikácia trate z Hanisky pri Košiciach cez Veľkú Idu do Moldavy nad Bodvou, v ktorej pribudne moderná spoločná zastávka pre autobusy a ľahké koľajové vozidlá. Tá je naplánovaná aj v Trebišove.