Od spustenia druhého piliera v roku 2005 sa musí Sociálna poisťovňa vyrovnávať s deficitom, ktorý presun prostriedkov spôsobuje. No aj bez vplyvu druhého piliera by bol jej dôchodkový fond v strate. To znamená, že na odvodoch vyberá menej, než vypláca súčasným penzistom. Všetky ostatné fondy sú, naopak, prebytkové a poisťovňa z nich čiastočne hradí chýbajúce prostriedky na dôchodky. Zvyšok dotuje štát. 

Za deficitným hospodárením je aj dlhodobá neschopnosť zvýšiť efektivitu výberu poistného. Tá sa pohybuje len okolo 90 percent. Zvyšných desať percent predstavuje približne 400 miliónov eur, čo je zhruba polovica sumy, ktorú odčerpáva druhý pilier.

Predchádzajúci riaditelia za posledné štyri roky problémy veľmi neriešili. V prvej polovici vlády Roberta Fica sa ešte mohli spoľahnúť na rezervu, ktorá pre Sociálnu poisťovňu ostala z privatizácie SPP. Tá sa však vyčerpala a dodatočné zdroje nová vláda neodložila. Chcela preto aspoň znížiť negatívny vplyv druhého piliera nabádaním poistencov, aby vystúpili z druhého kapitalizačného piliera. Vláde sa podarilo dostať z druhého piliera zhruba stotisíc klientov. Časť z nich prinútila opustiť druhý pilier predĺžením minimálneho času sporenia na 15 rokov. Ak by šetrili menej, úspory by nemohli využiť na penziu a ostali by im len ako dedičstvo.

Budúcnosť fungovania Sociálnej poisťovne závisí v mnohom od toho, či sa podarí naplniť zámer jednotného výberu daní a odvodov. Druhá vláda Mikuláša Dzurindu pripravila plán, ktorý kabinet R. Fica nezavrhol, no ani výrazne neposunul vpred. Súčasná vláda už má jednotný výber v réžii daňových úradov ako jednu z priorít. Odzrkadlí sa to i na daňových priznaniach, ktoré by záverom volebného obdobia mali zahŕňať už aj odvody. Zo Sociálnej poisťovne tak ostane predovšetkým agentúra na výplatu dôchodkov. Má byť čo najprístupnejšia elektronickou cestou, bez zbytočnej administratívy a chodenia po pobočkách. Taký je aspoň zámer súčasného ministerstva práce. Podľa riaditeľa inštitúcie Ľuboša Lopatku má väčšina zásadných zmien prebehnúť už v prvom polroku 2011.