J. Čentéš namietal, že postupom prezidenta Ivana Gašparoviča bolo porušené jeho právo na prerokovanie veci bez zbytočných prieťahov podľa článku 48 odseku 2 Ústavy Slovenskej republiky. Zároveň namietal , že bolo porušené jeho právo na prístup k voleným a iným verejným funkciám, právo na vstup do verejných služieb svojej krajiny, právo na rovnosť a ochranu pred diskrimináciou.
J. Čentéša zvolili poslanci 17. júna 2011 za generálneho prokuratúra. Hlasovalo za neho 79 z 89 prítomných poslancov. Bývalý prezident Ivan Gašparovič bol najprv nečinný, neskôr odmietol J. Čentéša vymenovať do funkcie.
Ten podal v súvislosti s nečinnosťou prezidenta I. Gašparoviča sťažnosť na Ústavný súd ešte v roku 2011, v ktorej namietal nečinnosť prezidenta a zbytočné prieťahy v konaní. Ďalšiu sťažnosť vo veci namietaného porušenia základných práv rozhodnutím prezidenta SR nevymenovať ho do funkcie generálneho prokurátora podal Čentéš 3. januára 2013.
O druhej sťažnosti rozhodol Ústavný súd začiatkom decembra. Bývalý prezident I. Gašparovič porušil nevymenovaním Jozefa Čentéša za generálneho prokurátora jeho základné práva zaručené ústavou – prístup k voleným a verejným funkciám za rovnakých podmienok, ako aj práva na vstup do verejnej služby štátu. Rozhodol o tom senát súdu, ktorému predsedal Ladislav Orosz. ÚS zrušil rozhodnutie bývalého prezidenta. Jozefovi Čentéšovi priznal finančné zadosťučinenie 60-tisíc eur.
Slovensko nemalo generálneho prokurátora až do 18. júna 2013, keď bol Jaromír Čižnár zvolený parlamentom za kandidáta na vymenovanie do funkcie. V tajnej voľbe za neho hlasovalo 82 prítomných poslancov parlamentu - všetci zo strany Smer-SD. Opozícia sa na hlasovaní nezúčastnila. I. Gašparovič vymenoval J. Čižnára za generálneho prokurátora 17. júla 2013. Opozícia vtedy prezidentovi vyčítala, že s vymenovaním nepočkal do rozhodnutia Ústavného súdu.
