„Cítim sa nevinný. Nemôžem sa stotožniť s tým, že by existoval môj úmysel Maticu poškodiť,“ obhajoval sa J. Markuš, ktorý čelí obžalobe z porušovania povinnosti pri správe cudzieho majetku. Zároveň odmietol uzavrieť dohodu o vine a treste, ktorá by mu výmenou za priznanie umožnila dostať nižší trest, než mu hrozí v prípade preukázania viny.
Podľa obžaloby Matica slovenská pod jeho vedením ešte v roku 2007 prevzala a uhradila premlčaný dlh od Matičného fondu, v ktorom skupina okolo Matice slovenskej kontrolovala zhruba polovičný podiel a ten neskôr skrachoval.
Prokurátorka uviedla, že týmto krokom spáchal J. Markuš trestný čin. Ten však oponoval, že uhradenie dlhu schválilo vedenie aj snem Matice.
Súčasný šéf Matice slovenskej Marián Tkáč na súde povedal, že inštitúcia požaduje náhradu celej vzniknutej škody.
J. Markuš zastával v prvej ponovembrovej vláde post vicepremiéra. O rok neskôr sa stal predsedom Matice slovenskej. Na jej čele stál až do roku 2010. Z tejto funkcie sa zasadzoval za opätovný vznik samostatného Slovenska.