Autor ako advokát zastupoval daňový subjekt v daňovej kontrole, ktorá mala podobný priebeh. V dôsledku toho daňový úrad nestihol skončiť daňovú kontrolu v maximálnej 1-ročnej lehote. Preto rozhodol o prerušení daňovej kontroly až do obdržania odpovede na poslednú žiadosť od posledného odberateľa. Daňová kontrola sa medzičasom natiahla na 3 roky, pričom daňový úrad celý čas zadržiaval nadmerný odpočet DPH.
Slovenská finančná správa pravidelne urgovala zahraničnú finančnú správu, ale bezvýsledne. Spoločnosť požiadala daňový úrad o vrátenie nadmerného odpočtu za 6 prelustrovaných obchodných partnerov, ktorí potvrdili uskutočnenie zdaniteľného obchodu. V riešenom prípade alikvotná časť nadmerného odpočtu predstavovala približne 80 percent.
Daňový subjekt súhlasil s tým, aby mu daňový úrad vrátil zvyšnú časť nadmerného odpočtu po preverení posledného odberateľa. Daňový úrad žiadosti nevyhovel argumentujúc, že musí uzavrieť daňovú kontrolu ako celok, nemôže vrátiť časť nadmerného odpočtu a musí vyhotoviť jeden komplexný protokol z daňovej kontroly.
V súčasnosti je to inak. Ustanovenie § 47 zákona č. 563/2009 Z. z. o správe daní (daňový poriadok) v znení neskorších predpisov vypočítava 11 obligatórnych náležitostí protokolu z daňovej kontroly. Nóvum legislatívy reprezentuje § 47a daňového poriadku, ktorý má nadpis čiastkový protokol.
Podľa dikcie zákona správca dane môže počas daňovej kontroly vyhotoviť čiastkový protokol z daňovej kontroly, ak:
a) kontrolovaný daňový subjekt nie je zverejnený v zozname platiteľov dane z pridanej hodnoty, pri ktorých dochádza k zrušeniu registrácie platiteľa DPH alebo
b) daňová kontrola sa nevykonáva na základe požiadania orgánov činných v trestnom konaní. Na obsah čiastkového protokolu sa vzťahuje § 47 analogicky. Podľa dovetku citovaného zákonného ustanovenia doručením čiastkového protokolu kontrolovanému daňovému subjektu nie je ukončená daňová kontrola. Doručením finálneho protokolu sa naproti tomu daňová kontrola končí.
Otázka je, či v prípade ak správca dane vydá čiastkový protokol z daňovej kontroly môže vrátiť daňovému subjektu alikvotnú časť nadmerného odpočtu DPH, pričom zvyšok nadmerného odpočtu vráti po definitívnom skončení celej daňovej kontroly. Domnievam sa, že áno.
Vyplýva to z ustanovenia § 79 ods. 7 zákona č. 222/2004 Z. z. o dani z pridanej hodnoty v platnom znení, podľa ktorého daňový úrad vráti časť nadmerného odpočtu pred skončením daňovej kontroly vo výške uvedenej v čiastkovom protokole. Daňový úrad vráti časť nadmerného odpočtu do 10 dní odo dňa odoslania čiastkového protokolu.
Autor odpovede nepreberá zodpovednosť za správnosť a komplexnosť odpovede, keďže informácie o probléme sú obmedzené formuláciou otázky.
