Metrans založil jeho terajší generálny riaditeľ Jiří Samek. V roku 1992 do firmy kapitálovo vstúpil nemecký prístavný operátor HHLA Intermodal, ktorý kontroluje 50,1 percenta. O tri roky sa pridala nemecká železnica Deutsche Bahn – Railion, ktorá má v Metranse vyše 34 percent.
Prvý kontajner po železnici do Hamburgu a späť vypravila pražská firma v roku 1992. O rok neskôr mala firma vybudovaný najväčší terminál v strednej Európe v Prahe- -Uhříněvsi. Jej sieť sa rozšírila o ďalší prístav – nemecký Bremerhaven. V tom čase to bolo štyri až päť vlakových súprav týždenne.
O dva roky neskôr si spoločnosť postavila nový terminál v Zlíne a v roku 1999 začala prenikať aj do zahraničia. Prvá významná zastávka bola Dunajská Streda, kde si spoločnosť buduje druhé najväčšie terminálové prekladisko.
Nasledovali dcérske firmy v maďarskom Győri a Budapešti a v slovinskom Koperi. Teraz skupina Metrans vypravuje týždenne 117 vlakových súprav na medzinárodných koridoroch a tridsiatku na vnútroštátnych tratiach.
Za minulý rok dosiahla obrat bezmála 300 miliónov eur pri vyše pätinovom medziročnom prírastku. Počet zamestnancov narástol na zhruba 600 a pri očakávanej expanzii na Slovensku by sa v nasledujúcich dvoch rokoch mal dostať ku hranici osemsto.
